按照《财政部国家发展改革委教育部关于完善研究生教育投入机制的意见》（财教〔2013〕19号）精神，从2014年秋季学期起，向所有纳入国家招生计划的新入学研究生收取学费。学费标准以同济大学网站公示为准（网址：http://xxgk.***.cn/index.php?classid=3176）。除法学院的法律（非法学）（专业代码为035101）和上海国际设计创新学院的各专业（见附表一, 单独备案收费制全日制硕士研究生学费标准一览表）外，其他专业的硕士生学费标准为8000元/学年。直接攻博生学费标准为10000元/学年。
同济大学有完善的研究生奖助体系，对于纳入奖助体系的非定向就业学术型硕士生和非定向就业专业学位硕士生在入学后全部都可以获得8000元/学年的全额学业奖学金。对纳入奖助体系的硕士研究生还可获得不少于600元/月的助学金，每年发放10个月。另外，非定向就业研究生都可以申请助教和助管的岗位，获聘后可得到额外资助。所有非定向就业硕士研究生在学期间纳入上海市城镇居民基本医疗保险，可申请办理国家助学贷款，可参加有关专项奖学金评定。对于非定向就业博士研究生在入学后全部可获得10000元/学年的全额学业奖学金。同时还可以获得不少于2100元/月的助学金，每年发放10个月。具体内容以入学当年文件为准。
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